Ogromna grupa dzieci została zamordowana w komorach gazowych. Do obozu trafiły też dzieci przeznaczone do zgładzenia, ale w ramach wydzielonego, przejściowego odcinka obozowego dla Żydów z Theresienstadt żyły przez wiele miesięcy w Birkenau. Podobny był zresztą los kilku tysięcy dzieci romskich.